交通大學為因應二十一世紀知識領域的變遷，以及全球化永續經營之挑戰，在科學領域方面，希望兼顧基礎與實務，著重跨領域基礎科學、分子醫學與生物工程領域之研究，以期於未來創造生物科技產業發展之高峰。加上隨著人類基因圖譜的解讀完成，生物醫學基礎研究與生物科技產業紛紛進入後基因體時代，潮流朝向分子醫學基礎研究及生物工程應用之研究，因此成就了本所成立的機緣。

        主要發展方向為：從分子層次探討細胞及微生物之生理及病變機轉，並配合生物奈米材料的發展，開發相關應用；研究範圍涵括微生物及細胞、致病機制、生物感測及診斷、及生物奈米材料。期許以現有在細胞及微生物的研究基礎及成果，在持續深耕基礎研究外，發展奈米材料在分子醫學上的應用。